Dua daya bertumpu untuk memulakan PDB: koleksi set data kecil struktur protein dalam perkembangan yang ditentukan oleh pembelauan sinar-X; dan paparan grafik molekul yang baru tersedia (1968), Brookhaven RAster Display (BRAD), untuk menggambarkan struktur protein ini dalam 3D. Pada 1969, dengan penajaan Walter Hamilton di Makmal Kebangsaan Brookhaven, Edgar Meyer (Universiti Texas A&M) mula menulis perisian untuk menyimpan fail koordinat atom dalam format biasa untuk menjadikannya tersedia untuk penilaian geometri dan grafik. Menjelang 1971, salah satu program Meyer, SEARCH, membolehkan penyelidik mengakses maklumat dari pangkalan data dari jauh untuk mengkaji struktur protein di luar talian.[8] SEARCH memainkan peranan penting dalam mendayakan rangkaian, sekali gus menandakan permulaan fungsi PDB.

Bank Data Protein telah diumumkan pada Oktober 1971 dalam Nature New Biology[9] sebagai usaha sama antara Pusat Data Kristalografi Cambridge di UK dan makmal Brookhaven.

Selepas kematian Hamilton pada tahun 1973, Tom Koetzle mengambil alih arahan PDB buat 20 tahun berikutnya. Pada Januari 1994, Joel Sussman dari Institut Sains Weizmann Israel telah dilantik sebagai ketua PDB. Pada Oktober 1998,[10] PDB telah dipindahkan ke Kerjasama Penyelidikan untuk Bioinformasi Struktur (RCSB);[11] pemindahan telah selesai pada Jun 1999. Pengarah baharu ialah Helen M. Berman dari Universiti Rutgers (salah satu institusi pengurusan RCSB, yang satu lagi ialah Pusat Superkomputer San Diego di UC San Diego).[12] Pada tahun 2003, dengan pembentukan wwPDB, PDB menjadi sebuah organisasi antarabangsa. Ahli pengasas ialah PDBe (Eropah),[2] RCSB (AS), dan PDBj (Jepun).[3] BMRB[5] menyertai pada tahun 2006. Setiap daripada empat ahli wwPDB boleh bertindak sebagai pusat pengumpulan, pemprosesan data dan pengedaran untuk data PDB. Pemprosesan data merujuk bererti kakitangan wwPDB akan menyemak dan menghurai setiap penyertaan yang dihantar.[13] Data kemudiannya disemak secara automatik bagi kebolehpercayaan (kod sumber[14] untuk perisian pengesahan ini telah disediakan kepada orang ramai tanpa sebarang bayaran).